由熱源裝置產生的熱量對熱交換器中的水進行加熱，當水溫達到食品凍干所需要的溫度時，啟動熱水泵對加熱板加熱。熱水在加熱板中經過循環后返回熱交換器中經再加熱循環，為升華干燥和遷移干燥提供足夠的升華熱。解析干燥時，加熱溫度在保證不使食品過熱變性的前提下予以提高，使水分迅速地從吸附中解析出來。全部干燥過程結束時，加熱系統切換至冷卻系統,對加熱板進行冷卻，保證下一次干燥時加熱板溫度盡可能低。此外，冷卻系統還用于緊急冷卻。應急冷水冷卻系統包括冷卻水塔、循環水泵、熱交換器、管道閥門、控制裝置等。用于冷凍干燥期間干燥室壓力升高，接近崩解溫度時實行緊急冷卻，降低加熱板溫度，避免產品報廢。
